Sobre a exclusão de arquivos e diretórios
Você pode excluir um arquivo individual no seu repositório ou em um diretório inteiro, incluindo todos os arquivos do diretório.
Se você tentar excluir um arquivo ou diretório em um repositório no qual não tenha permissões de gravação, faremos um fork do projeto na sua conta pessoal e ajudaremos você a enviar um pull request para o repositório original após você fazer o commit da alteração. Para saber mais, confira Solicitações de pull.
Se o arquivo ou o diretório excluído contiver dados confidenciais, os dados ainda estarão disponíveis no histórico do Git do repositório. Para remover completamente o arquivo de GitHub, você deve removê-lo do histórico do seu repositório. Para saber mais, confira Remover dados confidenciais de um repositório.
Excluir um arquivo
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Navegue até o arquivo no repositório que deseja excluir.
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No canto superior direito, selecione o menu suspenso e clique no Excluir arquivo.

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No campo "Mensagem do commit", digite uma mensagem curta e relevante que descreva a alteração que você fez no arquivo. Você pode atribuir o commit a mais de um autor na mensagem do commit. Para saber mais, confira Criar um commit com vários autores ou em nome de uma organização.
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Abaixo dos campos da mensagem de commit, decida se deseja adicionar seu commit ao ramo atual ou a um novo ramo. Se seu branch atual for o branch-padrão, você deverá optar por criar um novo branch para seu commit e, em seguida, criar um pull request. Para saber mais, confira Como criar uma solicitação de pull.

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Clique em Fazer commit de alterações ou em Propor alterações.
Excluir um diretório
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Acesse o diretório no seu repositório que deseja excluir.
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No canto superior direito, selecione o menu suspenso e, em seguida, clique em Excluir pasta.

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Revise os arquivos que você excluirá.
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No campo "Mensagem do commit", digite uma mensagem curta e relevante que descreva a alteração que você fez no arquivo. Você pode atribuir o commit a mais de um autor na mensagem do commit. Para saber mais, confira Criar um commit com vários autores ou em nome de uma organização.
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Abaixo dos campos da mensagem de commit, decida se deseja adicionar seu commit ao ramo atual ou a um novo ramo. Se seu branch atual for o branch-padrão, você deverá optar por criar um novo branch para seu commit e, em seguida, criar um pull request. Para saber mais, confira Como criar uma solicitação de pull.

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Clique em Fazer commit de alterações ou em Propor alterações.